L’Ateneu està regit, administrat i representat per la Junta Directiva d’acord amb les decisions preses per l’Assemblea General de Socis que es duu a terme un cop l’any. La Junta Directiva es reuneix en sessió ordinària un cop al mes. La freqüència passa a quinzenal sempre que la dinàmica de l’entitat així ho requereix.
Actualment l’Ateneu té tres seccions pròpies: escacs, teatre i petanca femenina. A part d’aquestes seccions, l’Ateneu també funciona com a local social d’altres entitats del municipi:
- Drac i Diables de Santa Margarida de Montbui
- Comunitat de Regants
- Penya Blaugrana
- Club de Futbol Montbui
- Associació de Veïns “la Margarida”
- Comissió de Reis
- Comissó de Festes
- Coral Si Fa Sol
Aquestes entitats disposen de total autonomia i es regeixen pels seus propis estatuts. No obstant això, hi ha voluntat d’anar definint la relació de col·laboració mútua mitjançant la signatura d’un conveni. Actualment ja hi ha signat un conveni amb la Penya Blaugrana.
L’Ateneu ha tingut aquests darrers anys un conveni de col·laboració amb l’ajuntament segons el qual l’ajuntament ha atorgat una subvenció anual a l’entitat.